Sequenzierung Archive - AG Chamäleons

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Nachdem kürzlich in China erstmals ein Referenzgenom für das Pantherchamäleon (Furcifer pardalis) veröffentlicht wurde, folgen nun Wissenschaftler aus Südafrika mit dem Genom zweier Zwergchamäleon-Arten.

Für die Analysen wurden ein männliches Bradypodion pumilum aus Kapstadt und ein männliches Bradypodion ventrale aus einer eingeschleppten Population in Johannesburg entnommen. Für die Langsequenzierung (HiC) wurde Muskel- und Lebergewebe verwendet. Die Genomgröße von Bradypodion pumilum liegt bei 2,43 Gigabasenpaaren (Gb), die von Bradypodion ventrale bei 2,40 Gb. Die BUSCO-Analyse wies eine hohe Vollständigkeit mit rund 97% aller existenten kodierenden Gene bei Wirbeltieren nach. Des Weiteren bestätigt die aktuelle Veröffentlichung die bereits vom Karyotyp in Bradypodion thamnobates 2017 vorgefundenen sechs Makrochromosomen. Verschiedene Vergleiche mit Anolis sagrei wurden angestellt. Es bleibt weiterhin offen, welche Chromosomen bei Bradypodion Geschlechtschromosomen sind.

Die Genome können im NCBI BioProjekt unter der Nummer PRJNA9861319 sowie jeweils unter den BioSample-Nummern SAMN35825189 und SAMN35825190 eingesehen werden.

De novo whole genome assemblies for two Southern African Dwarf Chameleons (Bradypodion, Chamaeleonidae)
Jody M. Taft, Krystal A. Tolley, Graham J. Alexander, Anthony J. Geneva
Genome Biology and Evolution 15 (10), 2023, pp. 1-8
DOI: 10.1093/gbe/evad182[:en]

After a reference genome for the panther chameleon (Furcifer pardalis) was recently published for the first time in China, scientists from South Africa have now followed with the genome of two dwarf chameleon species.

For the analyses, a male Bradypodion pumilum from Cape Town and a male Bradypodion ventrale from an introduced population in Johannesburg were taken. Muscle and liver tissue was used for long sequencing (HiC). The genome size of Bradypodion pumilum is 2.43 gigabase pairs (Gb), that of Bradypodion ventrale 2.40 Gb. The BUSCO analysis demonstrated a high completeness with about 97% of all existing coding genes in vertebrates. Furthermore, the current publication confirms the six macrochromosomes already found from the karyotype in Bradypodion thamnobates 2017. Various comparisons with Anolis sagrei were made. It remains open which chromosomes in Bradypodion are sex chromosomes.

The genomes can be viewed in the NCBI BioProject under the number PRJNA9861319 and under the BioSample numbers SAMN35825189 and SAMN35825190 respectively.

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In den letzten Jahrzehnten hat die Genforschung sich rasant entwickelt. Seit 2009 steht für die Sequenzierung von Genomen das sogenannte high fidelity (HiFi) Pacbio Sequenzierungs-Verfahren zur Verfügung. Trotzdem tut sich gerade im Reptilienbereich relativ wenig. Sogenannte Referenzgenome gibt es für Reptilien nur rund hundert, von Chamäleons gibt es gar keine. Wissenschaftler aus China haben nun ein Referenzgenom für das Pantherchamäleon (Furcifer pardalis) veröffentlicht.

Für die Analyse wurde ein 5 Jahre altes, männliches Pantherchamäleon mittels Isofluran getötet und anschließend seziert. Verschiedene Gewebe wurden in flüssigem Stickstoff eingefroren. Für die Kurzsequenzierung der Genom-DNA und die HI-C-Sequenzierung wurde Skelettmuskel verwendet. Für die HiFi-Sequenzierung wurde Leber genutzt. RNA aus Herz, Leber, Milz, Hoden, Lunge, Nieren und Haut wurden für die Transkriptom-Sequenzierung verwendet.

Die Genomgröße des Pantherchamäleons aus der K-mer-Analyse liegt bei 1,61 Gigabasenpaaren (Gbp), wobei es nur 22 sogenannte contigs, Sätze überlappender DNA, enthält. Der Karyotyp enthält 11 Chromosome, das aus jeweils ein bis vier contigs besteht. Zehn von elf Chromosomen weisen Repeatsequenzen auf (TAACCC). Die BUSCO-Analyse wies eine hohe Vollständigkeit des Genoms nach. Das Genom kann im NCBI BioProjekt unter der Nummer PRJNA974816 sowie in der ScienceDataBank eingesehen werden.

Efficient and highly continuous chromosome-level genome assembly of the first chameleon genome
Hongxin Xie, Zixuan Chen, Shuai Pang, Weiguo Du
Genome Biology and Evolution 131, 2023
DOI: 10.1093/gbe/evad131

Foto: Alex Laube[:en]

In recent decades, genetic research has developed rapidly. Since 2009, the so-called high fidelity (HiFi) Pacbio sequencing method has been available for sequencing genomes. Nevertheless, relatively little is being done in the reptile field. There are only about a hundred so-called reference genomes for reptiles, and none at all for chameleons. Scientists from China have now published a reference genome for the panther chameleon (Furcifer pardalis).

For the analysis, a 5-year-old male captive panther chameleon was killed using isoflurane and then dissected. Different tissues were frozen in liquid nitrogen. Skeletal muscle was used for short genome DNA sequencing and HI-C sequencing. Liver was used for HiFi sequencing. RNA from heart, liver, spleen, testis, lung, kidney, and skin were used for transcriptome sequencing.

The genome size of the panther chameleon from the K-mer analysis is 1.61 gigabase pairs (Gbp), containing only 22 so-called contigs, sets of overlapping DNA. The karyotype contains 11 chromosomes, each consisting of one to four contigs. Ten out of eleven chromosomes have repeat sequences (TAACCC). BUSCO analysis demonstrated a high completeness of the genome. The genome can be viewed in the NCBI BioProject under the number PRJNA974816 and in ScienceDataBank.

Picture: Alex Laube[:]

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Tagged: Sequenzierung

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