{"id":5047,"date":"2023-07-26T14:13:54","date_gmt":"2023-07-26T12:13:54","guid":{"rendered":"https:\/\/www.agchamaeleons.de\/?p=5047"},"modified":"2023-11-01T12:58:18","modified_gmt":"2023-11-01T10:58:18","slug":"genom-des-pantherchamaeleons-entschluesselt","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.agchamaeleons.de\/de\/genom-des-pantherchamaeleons-entschluesselt\/","title":{"rendered":"Genom des Panthercham\u00e4leons entschl\u00fcsselt"},"content":{"rendered":"<p><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">In den letzten Jahrzehnten hat die Genforschung sich rasant entwickelt. Seit 2009 steht f\u00fcr die Sequenzierung von Genomen das sogenannte high fidelity (HiFi) Pacbio Sequenzierungs-Verfahren zur Verf\u00fcgung. Trotzdem tut sich gerade im Reptilienbereich relativ wenig. Sogenannte Referenzgenome gibt es f\u00fcr Reptilien nur rund hundert, von Cham\u00e4leons gibt es gar keine. Wissenschaftler aus China haben nun ein Referenzgenom f\u00fcr das Panthercham\u00e4leon (<em>Furcifer pardalis<\/em>) ver\u00f6ffentlicht.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">F\u00fcr die Analyse wurde ein 5 Jahre altes, m\u00e4nnliches Panthercham\u00e4leon mittels Isofluran get\u00f6tet und anschlie\u00dfend seziert. Verschiedene Gewebe wurden in fl\u00fcssigem Stickstoff eingefroren. F\u00fcr die Kurzsequenzierung der Genom-DNA und die HI-C-Sequenzierung wurde Skelettmuskel verwendet. F\u00fcr die HiFi-Sequenzierung wurde Leber genutzt. RNA aus Herz, Leber, Milz, Hoden, Lunge, Nieren und Haut wurden f\u00fcr die Transkriptom-Sequenzierung verwendet.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Die Genomgr\u00f6\u00dfe des Panthercham\u00e4leons aus der K-mer-Analyse liegt bei 1,61 Gigabasenpaaren (Gbp), wobei es nur 22 sogenannte contigs, S\u00e4tze \u00fcberlappender DNA, enth\u00e4lt. Der Karyotyp enth\u00e4lt 11 Chromosome, das aus jeweils ein bis vier contigs besteht. Zehn von elf Chromosomen weisen Repeatsequenzen auf (TAACCC). Die BUSCO-Analyse wies eine hohe Vollst\u00e4ndigkeit des Genoms nach. Das Genom kann im NCBI BioProjekt unter der Nummer <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/bioproject\/PRJNA974816\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">PRJNA974816<\/a> sowie in der <a href=\"https:\/\/www.scidb.cn\/en\/s\/zyauUj\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">ScienceDataBank<\/a> eingesehen werden.<\/p>\n<p><strong>Efficient and highly continuous chromosome-level genome assembly of the first chameleon genome<\/strong><br \/>\nHongxin Xie, Zixuan Chen, Shuai Pang, Weiguo Du<br \/>\n<a href=\"https:\/\/academic.oup.com\/gbe\/advance-article\/doi\/10.1093\/gbe\/evad131\/7229283\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Genome Biology and Evolution 131<\/a>, 2023<br \/>\nDOI: 10.1093\/gbe\/evad131<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>Foto: Alex Laube<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>In den letzten Jahrzehnten hat die Genforschung sich rasant entwickelt. 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